Ông lấy vợ tên là Đoàn Thị Nhạn (1915 - 1988), có tất cả chín người con.

Hai người con đầu và người thứ bảy mất sớm.

Người thứ ba là bà Huỳnh Xuân Lan, kỹ sư xây dựng, mất năm 2007, nguyên là Phó Tổng Giám Đốc Tổng Công ty xây dựng số 1.

Người thứ tư là bà Huỳnh Thu Cúc, kỹ sư hóa, nguyên giảng viên khoa Hóa, đại học Bách Khoa.

Người thứ năm là bà Huỳnh Thu Nguyệt, cử nhân tài chính kế toàn, nguyên trưởng phòng Tài chánh Quận 3, TP. HCM.

Người thứ sáu là ông Huỳnh Văn Nam, thạc sĩ khoa học công nghệ thông tin, nguyên Tổng Giám Đốc Đài Truyền hình Thành phố Hồ Chí Minh (8/2002-3/2011), hiện là Chủ tịch Hội Chống Gian lận thương mại và Hỗ trợ Người tiêu dùng Thành phố Hồ Chí Minh.

Người thứ tám là bà Huỳnh Thị Sông Bé, cử nhân kinh tế.

Người con út là bà Huỳnh Thị Thành, Thạc sĩ Dược, Nguyên trưởng khoa Vật lý Đo lường, Viện Kiểm Nghiệm Thuốc Thành phố Hồ Chí Minh.